نیروهای آمریکایی در 28 آوریل سال 2003 وارد این شهر شدند و در سال 2004 این شهر شاهد دو نبرد بزرگ میان هواداران صدام و نیروهای آمریکایی بود.
در 8 می 2008 نیز نیروهای آمریکایی به طور کامل از این شهر خارج شدند.
در ژانویه سال 2014 شهر فلوجه اولین شهر عراق بود که به دست گروه تروریستی داعش سقوط کرد.
در بامداد 23 می 2016 نیز حیدرالعبادی نخست وزیر عراق آغاز عملیات آزاد سازی شهر فلوجه از دست تروریست های داعشی را اعلام کرد و در 17 ژوئن 2016 نیز خود وی ازاد سازی کامل این شهر را اعلام عمومی کرد.
اهمیت این شهر در نزدیکی اش به بغداد پایتخت عراق است به گونه ای که از زمان اشغال آن توسط داعش منبع و مصدر اصلی تهدیدات علیه پایتخت بوده و تمامی اقدامات انفجاری علیه آن از همین منطقه منشاء گرفته است. فلوجه در واقع دروازه تردد تروریست‌های تکفیری داعش به بغداد و استان‌های شیعه نشین جنوبی عراق بویژه کربلا بود. این شهر را لانه داعش و تروریست‌های وابسته به آن نامگذاری کرده بودند به گونه ای که طی سال‌ها کنترل بر آن و اخراج شهروندان عادی، به مرکز عملیات داعش تبدیل شده بود و تمام فعالیت‌های تروریستی که طی سال‌های گذشته در بغداد و کربلا رخ داده، در فلوجه طراحی و تأمین امکانات شده است. برخی از فرماندهان نظامی عراق، فلوجه را به مثابه سر مار توصیف کرده و معتقدند اگرچه موصل شهر مهمی است، اما فلوجه به دلیل نزدیکی به بغداد و اهمیت نمادین آن برای تروریست‌های داعش، باید در اولویت آزادسازی قرار می گرفت. داعش با استفاده از بستر مناسب این منطقه به صورت گسترده در آن توزیع شده و آن را پایگاه اساسی بیشتر عملیات خود در عراق قرار داده بود.
ازاین رو، آزادسازی و پاکسازی کامل شهر فلوجه عملیات نظامی برای آزادسازی دیگر شهرهای عراق از دست داعش را تسهیل می کند. بویژه به نیروهای عراقی کمک می‌کند تا برای آغاز عملیات آزاد سازی شهر موصل، مقر اصلی داعش در عراق خود را آماده‌تر کنند. حفظ فلوجه برای تروریست‌های داعشی مهم تلقی می‌شد و از دست دادن این شهر برای آن‌ها به مثابه شکست قطعی در عراق است و تروریست‌ها را مجبور می‌کند در تنها پایگاه خود یعنی موصل،در مقابل محاصره نیروهای عراقی در حالت کاملا دفاعی قرار گیرند. به این ترتیب ملت عراق توانست بدون کمک خارجی لانه تروریست ها را به آشیانه عقابها برای ازاد سازی شهر موصل تبدیل کند. آزاد سازی موصل نیز به نابودی این پدیده شوم در سوریه کمک خواهد کرد.
در عملیات آزاد سازی فلوجه نیروی زمینی و هوایی ارتش عراق، الحشد الشعبی (نیروهای بسیج) پلیس فدرال (نهادی در عراق با 200000 نیرو و زیر نظر وزارت کشور) نیروهای ویژه مبارزه با تروریسم و نیروهای مسلح عشایرانبار مشارکت داشتند.
ائتلاف بین المللی مبارزه با داعش وعده پشتیبانی هوایی از عملیات ازادسازی فلوجه داده بودند اما اظهارات مقامات ارشد عراقی حاکی از ان بود که حتی یک سورتی پرواز علیه مواضع داعش در این شهر انجام ندادند. و تنها به مراقبت از فضای منطقه پرداختند.
